Num laboratório no dia do eclipse, pedras sagradas foram implantadas em dois meninos, Issamu Minami e Nobuhiko Akizuki. Décadas depois, o mundo está dividido em dois. Há quem queira eliminar os "kaijins" da sociedade e quem queira coexistir com eles. Há um homem que permaneceu recluso da sociedade, Issamu Minami. Uma jovem chamada Aoi Izumi está usando a ONU para apelar pelo fim da discriminação.
