O Eva 03 chega ao Japão para ser testado. A Quarta Criança é escolhida: Toji Suzuhara, um dos colegas de escola de Shinji. Claro que esta informação é escondida do garoto. Durante o teste, a Unidade 03 é tomada pelo décimo terceiro Anjo (Bardiel) e Shinji tenta evitar o confronto mortal, pois sabia que havia alguém dentro dela. Diante de sua postura, o comandante Ikari tira o controle do Eva de Shinji, que assiste seu bio-mecha destroçar o Eva 03. Só depois do acidente, Shinji fica sabendo que Toji era o piloto da terceira unidade.
